2)酶解法
酶水解法較化學(xué)法具有更多的優(yōu)越性，使用也更廣泛。因其具有較高專一性，而且水解產(chǎn)率較高，所以可以選擇各種不同專一性的酶進(jìn)行專一性的斷裂。
常用的酶有胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶和嗜熱菌蛋白酶。
胰蛋白酶專一斷裂Lys,Arg的羧基側(cè)肽鍵，如果對Lys,Arg,CysH進(jìn)行化學(xué)修飾可改變胰蛋白酶的斷裂性質(zhì)。
(1)賴氨酸的修飾。將Lys用順丁烯二酸酐或甲基順丁烯二酸桿修飾，則胰蛋白酶僅使Arg肽鍵斷裂。
順丁烯衍生物在中性pH下穩(wěn)定，胰蛋白酶水解僅使Arg鍵斷裂。在酸性條件下順丁烯衍生物可脫去封閉，此時(shí)再行胰蛋白酶水解，則得賴氨酸為末端的多肽。下述為蛋白質(zhì)中的賴氨酸，經(jīng)順丁烯�；饔煤�，被胰蛋白酶水解的例子。
(2)精氨酸的修飾。精氨酸與1，2-和1，3-二羰化合物作用，縮合產(chǎn)物是一雜環(huán)化合物，十分穩(wěn)定。然后胰酶水解僅斷裂賴氨酸殘基末端的肽鍵
(3)半胱氨酸的修飾。若肽鏈內(nèi)Lys、Arg均較少，則為了增加胰酶的裂解點(diǎn)，可以將半胱氨酸進(jìn)行氨乙基化，其產(chǎn)物Sβ氨乙基半胱氨酸有類似Lys的結(jié)構(gòu)，胰蛋白酶在水解時(shí)，不能識別這微細(xì)的變化，從而在半胱氨酸處斷裂。
蛋白水解酶的專一性
| 酶 | 來源 | 主要作用點(diǎn) | 其它作用點(diǎn) |
| 胰蛋白酶 | 胰 | Arg，Lys | |
| 糜蛋白酶 | 胰 | Tyr，Phe，Trp | Leu，Met，His，Asu，Gln |
| 彈性蛋白酶 | 胰 | Leu，Ile，Ala | 其它等 |
| 胃蛋白酶 | 胃粘膜 | Tyr，Phe，Trp，Met，Len | Ala，Glu，Asp，其它等 |
| 木瓜蛋白酶 | Papayplant木瓜植物 | Arg，Lys，Gly | 其它等 |
| 嗜熱菌蛋白酶 | 嗜熱解蛋白芽孢桿菌 | Leu，Ile，Phe | Val，Tyr |
| 枯草桿菌蛋白酶 | 枯草桿菌 | 芳香族及脂肪族殘基 |
肽鏈的裂解和重組大致有三種情況：一種是非特異性裂解，如酸水解。由于裂解的片段較小，造成分離的困難。因此這種非特異性裂解對大分子肽鏈?zhǔn)遣贿m用的。第二種是特異性裂解，采用兩種以上的專一裂解，然后進(jìn)行組合，這種方法一般也適用于分子量小于5萬的蛋白質(zhì)。第三種是逐步的專一裂解，首先將某種氨基酸進(jìn)行化學(xué)修飾，使水解酶專一斷裂某一種氨基酸，分成若干片段，然后解除化學(xué)封閉，再用此酶裂解，使曾被封閉過的氨基酸斷裂。目前傾向于采用這種裂解方式。
